さて、蒙古襲来に幕府はどのように対処したか。
時宗は非常事態への迅速な対処が必要と考え、時間のかかる合議ではなく、気心がしれた御家人と自分の家臣(御内人)とで協議し事を処理していきました。
また、朝廷の同意を得て公卿や寺社の所領にも地頭を置き兵力の増強を図る一方、九州の防備を急ぎ、寺社には、国難退散の加持祈祷を命じます。
見方を変えれば、国の緊急事態は、幕府の支配力を強めることになります。
2回の元寇を撃退した後、三度目の襲来が予想される緊迫のなかで1284年、時宗は急死します。
これを期に、時宗を補佐していた、御家人のトップ安達泰盛と御内人のトップ内管領・平頼綱が衝突、翌1285年、平頼綱は泰盛を突如襲撃・殺害し、泰盛派の御家人らを討伐します（霜月騒動）。この事件により、幕府内での御家人の地位は低くなり、幕府は得宗家とその御内人が主導する得宗専制を確立します。
平頼綱は、時宗を継いだ13歳の北条貞時(9代執権)を補佐し、得宗専制の強化に尽力しますが、もともと北条家の家臣である御内人と、頼朝と共に戦い形式の上では将軍の従者である御家人とでは身分が違い、戦後処理は遅々として進まず、さらには実権を握った御内人政権に賄賂が横行し、政治が腐敗します。
1293年、成人した北条貞時は平頼綱一族を討滅（平禅門の乱）し、政治の実権を内管領から取り戻し、実質的な得宗専制を強化します。
貞時は、戦後山積する問題に高圧的・独断的に処理していきます。頼綱政権下で停滞していた訴訟の迅速な処理のため、判決を全て貞時が下すこととしたため、当初、御家人らは訴訟の進行を歓迎しましたが、ほどなく独裁的な判決への反発が高まってきます。
そもそも蒙古襲来での戦勝品がないため、戦った御家人は大した褒賞を得られなかったところに、その後も異国警固番役や長門警固番役などの新たな負担を抱えていました。
また、普及してきた貨幣経済に対処できない御家人は窮乏し、分割相続による所領の細分化がおこり、階層分化が進みます。
御家人の窮乏を救おうと出した徳政令は、当然非御家人の反発を買い、痛い目にあった非御家人は、2度と御家人に経済的関係を持とうとしませんから、これは逆に御家人を更に窮地に追い込むことになります。
多くの御家人は没落して、所領を売却したり、質入するなどして失い、幕府への勤仕ができない無足御家人も増加します。
一方で彼らから所領を買収・取得する事でのし上がる者もおり、その中には非御家人も数多くいました。こうした無足御家人と、力をつけた非御家人は、悪党化し、社会情勢を一層不安定なものにします。
窮乏する御家人をよそに、北条一門だけは知行国を著しく増大します。
満12歳で執権に就任した貞時でしたが、どうやってもうまくいかない政務に意欲を失い、30歳にして出家しますが、その後も幕府に対して一貫性ない関与を続けます。
晩年は、酒宴に耽ることが多くなり、重臣からは素行の改善を願う趣旨の諫状がだされます。1301年、貞時死去。
貞時死後、北条支流が中継ぎ執権に就いた後、1316年貞時の子高時が14歳で14代執権に就きます。
高時はもはやなす術を見つけられず、政治を放り出し、田楽・闘犬等遊興に耽る有様です。
社会の不満が頂点に達したとき、後醍醐天皇が登場します。後醍醐は即位すると、天皇を中心とする政治体制の再構築を企てます。
1324年、後醍醐の蜂起計画が露呈し、日野資朝・日野俊基など側近の公家が処罰(比較的軽い)されたますが、後醍醐は諦めず、1331年再度倒幕計画を立てます。が、これも事前に発覚し後醍醐は翌年隠岐島へ流されます(元弘の乱)。
しかし、仏門にいた護良(もりよし/もりなが)親王は父・後醍醐に同調し還俗、参戦します。護良は、令旨を発して反幕勢力を募り、呼応した得宗専制に不満を持つ楠木正成、赤松則村（円心）などの[悪党]が各地で反幕府の兵を挙げ、善戦します。
1333年、反幕府勢力の討伐のために京都へ派遣された御家人・足利高氏（尊氏）が、一転して後醍醐側へつき、5月7日に六波羅探題を落とします。
ときを同じくして、御家人・新田義貞は上野国で兵をあげ、多くの武将を味方をつけながら鎌倉を目指し、同年5月21日、遂に稲村ケ崎から干潮の由比ヶ浜に入り御内人軍団と激闘、これを打ち破って鎌倉を陥落します。
鎌倉陥落を知った後醍醐は京都へ帰還し親政を開始します（建武の新政）。
幕末の攻防の構図は、(得宗 + 御内人)対(天皇 + 御家人 + 悪党)とみることができます。