以仁王の反乱はあっけなく鎮圧されますが、頼政から王の檄文(令旨・りょうじ)を手渡された行家は、同志をめぐって決起を促します。
伊豆の頼朝にも令旨が届けられ、それを追って平氏からの鎮圧が来ることを予期した頼朝は蜂起を決心します。
頼朝は1180年8月、伊豆の代官を襲い殺害、そのまま北上し、今の小田原あたりで平家側大庭軍と戦いますが大敗(石橋山の合戦)、僅かな手勢と山に逃げ込みます。
ここで、有名な挿話があります。
頼朝達が隠れたいた大きな洞を、敵将・大庭景親が調べようとします。
そこに平家方武将の梶原景時現れ、「自分が調べる」と弓を洞に差し込み、「ここは蝙蝠の巣」だと、頼朝が潜んでいることを知りながら、頼朝を見逃します。
景時は頼朝の将来を見込んだという話です。
実際その後、景時は頼朝の家臣になり、頼朝も景時を重用し、義経・範経が平氏追討で瀬戸内海で戦った時、いわば参謀として参戦します。
「新平家」では景時は、義経に徹底して対抗心をもち、頼朝にあることないこと告げ口した人物として描かれています。
真鶴から房総に逃れた頼朝は、房総の豪族、上総広常と千葉常胤を味方につけ西進、父・義朝と兄・義平の住んだ鎌倉に本拠を構えます。
それに呼応して、平家は頼朝討伐のため東進。
平維盛は富士川で頼朝と対峙しますが、水鳥が飛び立ったのに驚いた平家軍は戦いを放棄して逃散します(1180年11月)。頼朝は追跡しようとしますが、重臣から、「今は深追いするときではない」との進言を受け、鎌倉に引き返します。
このとき、奥州藤原にいた義経が秀郷から授かった武将と共に、頼朝のもとに馳せ参じ、涙の対面をします。
富士川での平家の無残な敗走を期に、全国各地に不穏な空気が上ります。
このような騒乱の中、同年6月、清盛は長年の夢であった福原京(現在の神戸市)に遷都します。が、遷都は機能せず、一度は遷都したものの公卿たちは京に戻り始めます。
この大切な時に、清盛は熱病にかかり、重衡を頼朝討伐にあてることを命じ、「あとは宗盛のもとに結束せよ」と遺言し病没します(1181年3月)。
[新平家]では病名はぎゃく=マラリヤだとしていますが、今は諸説あるようです。1181年4月、平重衡を大将とする平家軍が再度東進し、今の大垣市付近墨俣川の東岸でこれに対峙したのが頼朝とは一線を引いていた行家です。しかし、行家は墨俣川で敗れ、後退した矢作川でも大敗し鎌倉に逃れます。
当時平家には、西は平家、東国は源氏、奥州は藤原が支配するという構図を描いていたので、平氏は源氏軍をそれ以上深追いすることはありませんでした。
鎌倉に逃れた行家は、自分が頼朝の叔父であるとこをいいことに、傲慢な態度を取ったために、頼朝の怒りをかい、やむなく木曽義仲のもとに走ります(1183年)。
行家は[新平家]に頻繁に登場しますが、あまり好意的に書かれていません。
熊野に潜んでいた行家は、以仁王の令旨を盾に、独自に蜂起しますが、合戦は負け続け、頼朝を頼ったり、それがだめなら義仲、義経、上皇と次々頼る相手を変え策を弄しますが、最後は頼朝に討たれます。
義仲の父義賢は、頼朝の長兄義平(悪源太義平)に武蔵国の大蔵館（現・埼玉県比企郡嵐山町）で討たれますが、このとき義賢の重臣が、幼い義仲を抱いて信濃国木曾谷（現在の長野県木曽郡木曽町）に逃れ、以後義仲はこの地で育ちます。
義仲が頼朝に追放された行家を庇護したことで、義仲と頼朝は険悪な関係になり、結果として義仲の行動を難しくします。義仲は頼朝に敵意はない証として、息子義高を人質として頼朝に差出し、北関東を固め平家との合戦に備えます。
義高と頼朝の娘・大姫は恋仲になります。
後年頼朝と義仲が敵対するに至って、頼朝は義高を斬殺(1184年、享年12)、大姫は頼朝を恨み、若くして病没したと[新平家]では書いています。
富士川の戦い(1180年)で大失態した平維盛は、義仲討伐の10万の大軍を率いて、北陸道に進みます。
しかし、1183年5月、今の金沢の北東・倶利伽羅峠で平家軍は、義仲の奇襲(夜中牛の角に松明を付けて、平家軍に突入させてといわれています)を受け、膨大な戦力を失い無残な姿で京都に逃げ帰ります。
義仲は勝利の勢いを保ったまま、6月には延暦寺を恫喝して味方につけ、入京の構えをみせます。
清盛をなくし、義仲との戦いで軍事力の大半を失った平家は、押し寄せる義仲軍におびえ、一戦も交えず、女子供もみな引き連れて、京の都を明け渡すことを決めます。
このとき最も大切なことは、天皇家を平家方につけることです。
高倉(後白河上皇と平慈子の間に生まれた)は既に逝去していましたが、高倉と清盛の娘徳子との間に生まれた安徳は、弱冠8歳の、しかし既に天皇になっていました。
安徳天皇は幼いので当然、母徳子と一緒に行動します。
平家は、もう一人の重要人物・後白河上皇を味方に引き付けておかなければなりませんでしたが、不覚にも、京都撤退のどさくさで、策士・後白河に逃げられてしまいます。
後白河がいないものの、平家一族は安徳天皇と三種の神器を携えて九州目指して落ち延びます。ところが、味方だと思っていた大宰府を初めとする九州の諸武将は平家に敵対し、九州にも居場所がありません。清盛が一生をかけて築いた福原に近い、四国屋島に拠点を築きます。
義仲が都の統治に失敗し、源氏の内輪もめが始まっていました。
